Luis Alberto García / Zamora Pico de Oro, Chiapas
*Por inaccesibles, se desconoce realmente su distribución.
*Resulta difícil hacer una estimación de su número.
*La actividad humana tiene enorme impacto sobre ellos.
*Las investigaciones suelen concentrarse en biorregiones concretas.
* No hay manera de ir a fondo en los estudios sobre toda la especie.
En 1991 se calculó que vivían entre quinientos y mil ejemplares de jaguar en Belice,​ y en el parque nacional Kaa Iya de Bolivia se contabilizaron entre tres y cuatro ejemplares cada 100 km y en un estudio en la Reserva de la Biosfera de Calakmul, Campeche, se estimó una población de unos quinientos ejemplares y la población de las mayores reservas de la Región Maya (sureste de México y noroeste de Guatemala y Belice) fue estimada en dos mil individuos.
Sin embargo, solo las de México y Guatemala fueron suficientemente grandes para mantener poblaciones de más de 400 individuos y​ trabajos realizados utilizando trampas-cámara y telemetría por GPS en el año 2003 y 2004 detectaron una densidad de solo seis o siete ejemplares por cada 100 km² en la crítica región del Pantanal, en comparación con los diez u once contabilizados con métodos tradicionales.
Esto sugiere que los métodos de muestreo más extendidos podrían inflar el número real de ejemplares de la especie, surgiendo la pregunta de cuántos jaguares sobreviven a la fecha.
En el pasado su conservación se hacía en ocasiones por medio de la protección de zonas donde la población local, o bien se encuentra estable o está en aumento; estas zonas, denominadas «Unidades de Conservación de Panthera onca», eran grandes áreas pobladas por unos 50 ejemplares.
Algunos investigadores determinaron recientemente que, con el fin de asegurar que el patrimonio génico se comparta lo suficiente como para mantener la especie, era importante que las poblaciones de esta especie estuvieran interconectadas. A estos efectos, se han iniciado nuevos proyectos para conectar estas zonas de protección de la especie.
Los principales problemas de conservación del jaguar tienen su origen en las actividades humanas que generan un enorme impacto directo e indirecto en sus poblaciones. Entre las amenazas más importantes para su conservación están la pérdida y fragmentación de hábitat.
El jaguar es una especie de buen tamaño y de amplia distribución, que requiere de grandes extensiones para mantener poblaciones viables. En este sentido, las áreas naturales protegidas son fundamentales para su conservación.
Sin embargo, pocas áreas protegidas tienen la superficie adecuada para mantener una población viable de jaguar a largo plazo, por lo que es imprescindible contar con corredores u otras formas de manejo del paisaje adyacente.
Por lo tanto, los esfuerzos para la protección del jaguar requieren de la consolidación de las áreas naturales protegidas ya existentes, de la creación de nuevas reservas y de la conservación del jaguar en las grandes áreas no protegidas en las que se encuentra todavía a la especie, lo que representa uno de los factores críticos dentro de los esquemas de su conservación
En Latinoamérica como en México, la depredación de animales domésticos, en especial bovinos, causada por félidos silvestres, tiene como consecuencia acciones de control letal por parte de ganaderos y criadores, control que se lleva a cabo incluso dentro de áreas protegidas, aún en ausencia de casos de depredación en la zona.
Hay que ver las acciones para su conservación en México, en donde el jaguar es considerado, por su relevancia ecológica y social, como una especie prioritaria para la conservación, de acuerdo a la normatividad en materia ambiental.
La Ley General de Vida Silvestre establece que las especies prioritarias para la conservación son aquellas que determina la autoridad y que merecen atención especial por sus características, como ser especies clave, emblemáticas, carismáticas y factibles de recuperación.
Además el jaguar se encuentra incluido en la norma mexicana de especies en peligro (NOM.059 ECOL 2001) y su cacería está vedada en el Diario Oficial de la Federación desde 1987.
Así, los últimos años se ha avanzado mucho en el papel, en las ordenanzas y en la normatividad en materia de conservación del jaguar en México, que debe preservarlo como símbolo nacional equivalente al águila real, especies ambas que deben tener el significada que la historia les otorgó para orgullo de los ciudadanos y de la nación.
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